1. ค่าเช่า
ค่าใช้จ่ายหลักในการเช่าโรงงาน เช่าโกดัง ก็คือค่าเช่า การเช่าโรงงานหรือเช่าคลังสินค้า ซึ่งถือเป็นอสังหาริมทรัพย์เพื่อการทำอุตสาหกรรมและธุรกิจนั้น โดยปกติแล้วจะคิดค่าเช่าตามหน่วยตารางเมตรต่อเดือนตามขนาดพื้นที่โรงงานหรือโกดังคลังสินค้านั้นๆ ทั้งนี้ โดยปกติแล้วค่าเช่าจะยังไม่รวมค่าภาษี ค่าบริการ ค่านํ้าค่าไฟ และข้อตกลงการให้บริการต่าง ๆ
2. ค่ามัดจำ
โดยปกติแล้วการทำสัญญาเช่าโรงงาน เช่าโกดัง หรือเช่าคลังสินค้า จะมีเงินมัดจำมูลค่าเท่ากับค่าเช่าที่ต้องจ่ายในแต่ละเดือน ซึ่งโดยทั่วไปมูลค่าเงินมัดจำจะอยู่ที่ 2-4 เดือนของค่าเช่า ซึ่งเงินมัดจำนี้ ผู้เช่าจะได้รับคืน เมื่อทำการเช่าจนครบกำหนดของสัญญา ดังนั้นหากท่านผู้ประกอบการต้องการเช่าโรงงาน เช่าโกดัง หรือเช่าคลังสินค้า แล้วโดยเรียกเก็บเงินมัดจำที่มีมูลค่าที่สูงจนเกินไปก็สามารถที่จะทำการต่อรองจำนวนเงินมัดจำให้เหมาะสมกับอาคารที่จะเช่าได้
3. เงินล่วงหน้า
ไม่ว่าจะเป็นค่าเช่าล่วงหน้าเดือนแรกหรือค่าเช่าล่วงหน้าเดือนสุดท้าย ซึ่งโดยปกติแล้วจะไม่เกิน 1-2 เดือนของค่าเช่า ดังนั้นหากท่านผู้ประกอบการโดนเรียกเก็บค่าเช่าล่วงหน้าจำนวนหลายเดือนเกินไป ก็สามารถทำการพูดคุยเพื่อขอลดจำนวนค่าเช่าล่วงหน้าที่ต้องจ่ายได้ เพื่อเป็นการประหยัดเงินทุนที่ต้องจ่ายก่อนล่วงหน้า ที่สามารถนำไปหมุนเวียนใช้ในธุรกิจนั่นเอง
4. ค่าภาษี
ภาษีเงินได้หัก ณ ที่จ่าย ภาษีเงินได้หัก ณ ที่จ่าย เป็นภาษีที่บริษัทหรือผู้ประกอบการที่เช่าโรงงานหรือเช่าโกดังคลังสินค้าต้องต้องดำเนินการ หัก ณ ที่จ่าย และทำหนังสือรับรองภาษีหัก ณ ที่จ่ายให้แก่ผู้รับเงิน (หรือผู้ให้เช่า) ทุกครั้ง ในอัตราร้อยละ 5 ของค่าเช่าที่มีการจ่ายเงินและนำส่งภาษีภายใน 7 วันของเดือนถัดไป แต่หากเป็นค่าบริการ เช่น ค่าส่วนกลาง ค่าบำรุงรักษาทรัพย์ที่เช่า จะต้องหักภาษีในอัตราร้อยละ 3 ซึ่งเป็นคนละอัตรากับค่าเช่า
- ภาษีมูลค่าเพิ่ม (VAT)
ค่าเช่าอสังหาริมทรัพย์ต่าง ๆ เช่น ค่าเช่าอาคาร ค่าเช่าโรงงาน และค่าเช่าโกดังคลังสินค้า จะได้รับการยกเว้นไม่ต้องนำมาคิดภาษีมูลค่าเพิ่ม แต่หากมีค่าบริการอื่น นอกเหนือจากค่าเช่า เช่น ค่าส่วนกลาง ค่าบริการบำรุงรักษาทรัพย์ที่เช่า หากผู้ให้เช่ามีรายได้เกินกว่า 1.8 ล้านบาทต่อปี แล้วล่ะก็ ค่าบริการนั้นต้องถูกนำมาคิดภาษีมูลค่าเพิ่มตามกฎหมาย ซึ่งปัจจุบันมีอัตราอยู่ที่ร้อยละ 7
- อากรแสตมป์
ในการทำสัญญาเช่าโรงงานและเช่าโกดังคลังสินค้า สัญญาเช่าต้องมีการติดอากรแสตมป์ถึงมีผลสมบูรณ์ตามกฎหมาย ซึ่งค่าอากรแสตมป์นั้น จะอยู่ที่อัตราร้อยละ 0.1 ของค่าเช่าตลอดสัญญาเช่า ส่วนฝ่ายใดจะเป็นผู้รับชอบภาษีส่วนนี้นั้นเป็นการตกลงระหว่างผู้เช่าและผู้ให้เช่า
5. ค่าน้ำและค่าไฟฟ้า
ผู้ประกอบการที่เช่าโรงงานเช่าโกดังหรือเช่าคลังสินค้าจะต้องจ่ายค่านํ้าและค่าไฟตามหน่วยของประปาและไฟฟ้าที่ใช้ไป โดยอัตราของค่านํ้าและค่าไฟฟ้านั้นจะขึ้นอยู่กับนิคมอุตสาหกรรมหรือโครงการที่โรงงานให้เช่า คลังสินค้าให้เช่าหรือโกดังให้เช่านั้นๆ ตั้งอยู่ เป็นผู้กำหนด เพราะฉะนั้นก่อนทำสัญญาเช่าหรือเลือกโรงงานให้เช่า คลังสินค้าให้เช่าหรือโกดังให้เช่า ท่านผู้ประกอบการควรสอบถามอัตราค่านํ้าและค่าไฟฟ้าของนิคมอุตสาหกรรมหรือโครงการนั้นๆเพื่อเป็นข้อมูลประกอบการตัดสินใจ
6. ค่าส่วนกลาง
ถ้าหากโรงงานให้เช่า คลังสินค้าให้เช่าหรือโกดังให้เช่าของท่านผู้ประกอบการตั้งอยู่ในนิคมอุสาหกรรม หรือส่วนอุตสาหกรรม โดยปกติแล้วจะมีค่าส่วนกลาง (ค่าธรรมเนียม) ที่จะต้องจ่ายให้กับทางนิคมอุตสาหกรรม หรือส่วนอุตสาหกรรม เพื่อเป็นค่าบำรุงรักษาถนน สาธารณูปโภคพื้นฐาน และการรักษาความปลอดภัย